位于南京市解放门8号，成立于1998年5月24日，是一座集中收藏、展示和研究南京城墙的专题性历史类博物馆。重点收藏明代铭文城砖及众多相关的文物资料和文献资料，标本城砖达600多种，其中还有明代宫廷专用的“金砖”，以及明故宫的基础木桩和古代战争中使用的垒石等文物。
　　该博物馆设有七个陈列厅及接待厅，展出了南京城垣全貌模型、城砖实物、砖铭拓片及城墙墙体结构等，系统地介绍了南京城墙的历史沿革、建造特点以及它在中国和世界城市发展史上的地位和价值。
　　该博物馆在不断完善基础设施建设，增强综合接待能力的同时，还积极筹备形式多样的群众性文化活动。经过多年的建设，明城垣史博物馆已经成为展示南京古都特色的“第一窗口、第一形象和第一场馆”。2001年，明城垣史博物馆被列为江苏省爱国主义教育基地。
　　明城垣史博物馆和城墙管理处积极发挥管理和维修职能，每年承担多处地段的城墙维修抢险工程，年收运城砖量达40多万块。